Город находится в 50 километрах от Гагры и в 42 километрах от Сухума. История заселения этой местности уходит в глубь тысячелетий. Исследования советских ученых доказали, что еще 7-8 тысяч лет назад на территории нынешнего города и его окрестностей существовало обширное поселение людей неолитического (новокаменного века).
Как поселение городского типа Гудаута возникла в начале второй половины XIX столетия. В то время в местечке была лишь одна улица, застроенная лавками и небольшими домами.
Статус города Гудаута получила в 1926 г.